Bonjour,
Je recherche un·e formateur·trice ou ingénieur·e bioinformaticien·ne pour un accompagnement pratique sur la création d’un environnement bioinformatique reproductible avec Docker, en utilisant GitLab pour la gestion du code et des versions.
🎯 Objectifs
Comprendre et écrire des Dockerfile
Construire un environnement bioinfo modulaire et reproductible
Structurer un projet avec GitLab (versioning, bonnes pratiques)
Automatiser l’installation des outils
Introduction à GitLab CI/CD
Être autonome pour adapter l’environnement à différents projets NGS
🧬 Outils envisagés Conda/Mamba, Samtools, Bedtools, FastQC, MultiQC, Cutadapt, BWA, Bowtie2, HISAT2, STAR, HTSeq, featureCounts, DESeq2, edgeR, BLAST, eggNOG-mapper, Python, R/Bioconductor, JupyterLab
🔍 Visualisation : IGV via IGV.js (BAM/VCF/BigWig)
⚙️ Aspects techniques Docker, docker-compose, gestion des dépendances, volumes, intégration GitLab CI/CD, bonnes pratiques de reproductibilité.
📅 Format flexible (visio / présentiel) – durée et rythme à définir ensemble.