Bonjour,
Je recherche une formateur.trice pour un accompagnement pratique sur la création d’un environnement bioinformatique reproductible avec Docker, en utilisant GitLab pour la gestion du code et des versions.
Objectifs
Comprendre et écrire des Dockerfile
Construire un environnement bioinfo modulaire et reproductible
Structurer un projet avec GitLab (versioning, bonnes pratiques)
Automatiser l’installation des outils
Introduction à GitLab CI/CD
Être autonome pour adapter l’environnement à différents projets NGS
Outils envisagés Conda/Mamba, Samtools, Bedtools, FastQC, MultiQC, Cutadapt, BWA, Bowtie2, HISAT2, STAR, HTSeq, featureCounts, DESeq2, edgeR, BLAST, eggNOG-mapper, Python, R/Bioconductor, JupyterLab
Visualisation : IGV via IGV.js (BAM/VCF/BigWig)
Aspects techniques Docker, docker-compose, gestion des dépendances, volumes, intégration GitLab CI/CD, bonnes pratiques de reproductibilité.
Format flexible (visio / présentiel) durée et rythme à définir ensemble. N’hésitez pas à me contacter en MP.