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Bonjour, Je recherche un·e formateur·trice ou ingénieur·e bioinformaticien·ne pour un accompagnement pratique sur la création d’un environnement bioinformatique reproductible avec Docker, en utilisant GitLab pour la gestion du code et des versions. 🎯 Objectifs Comprendre et écrire des Dockerfile Construire un environnement bioinfo modulaire et reproductible Structurer un projet avec GitLab (versioning, bonnes pratiques) Automatiser l’installation des outils Introduction à GitLab CI/CD Être autonome pour adapter l’environnement à différents projets NGS 🧬 Outils envisagés Conda/Mamba, Samtools, Bedtools, FastQC, MultiQC, Cutadapt, BWA, Bowtie2, HISAT2, STAR, HTSeq, featureCounts, DESeq2, edgeR, BLAST, eggNOG-mapper, Python, R/Bioconductor, JupyterLab 🔍 Visualisation : IGV via IGV.js (BAM/VCF/BigWig) ⚙️ Aspects techniques Docker, docker-compose, gestion des dépendances, volumes, intégration GitLab CI/CD, bonnes pratiques de reproductibilité. 📅 Format flexible (visio / présentiel) – durée et rythme à définir ensemble.

Bonjour, Je recherche une formateur.trice pour un accompagnement pratique sur la création d’un environnement bioinformatique reproductible avec Docker, en utilisant GitLab pour la gestion du code et des versions. Objectifs Comprendre et écrire des Dockerfile Construire un environnement bioinfo modulaire et reproductible Structurer un projet avec GitLab (versioning, bonnes pratiques) Automatiser l’installation des outils Introduction à GitLab CI/CD Être autonome pour adapter l’environnement à différents projets NGS Outils envisagés Conda/Mamba, Samtools, Bedtools, FastQC, MultiQC, Cutadapt, BWA, Bowtie2, HISAT2, STAR, HTSeq, featureCounts, DESeq2, edgeR, BLAST, eggNOG-mapper, Python, R/Bioconductor, JupyterLab Visualisation : IGV via IGV.js (BAM/VCF/BigWig) Aspects techniques Docker, docker-compose, gestion des dépendances, volumes, intégration GitLab CI/CD, bonnes pratiques de reproductibilité. Format flexible (visio / présentiel) durée et rythme à définir ensemble. N’hésitez pas à me contacter en MP.